臨床醫(yī)生要掌握的純生信方案

        一、摘要：

        褪黑素，作為一種內(nèi)源性激素，在腫瘤中發(fā)揮著重要的作用。除了在調(diào)節(jié)晝夜節(jié)律，睡眠和神經(jīng)內(nèi)分泌之外，褪黑素在多個(gè)生存相關(guān)通路發(fā)揮功能。然而，腫瘤中褪黑素調(diào)控機(jī)制尚不清楚。作者在33個(gè)癌癥中對(duì)褪黑素調(diào)控子進(jìn)行了綜合表征。通過基因組，轉(zhuǎn)錄組，蛋白組，表觀組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合非編碼RNA和藥物基因組數(shù)據(jù)揭示了褪黑素調(diào)控子的基因組改變和臨床特征，識(shí)別了潛在靶向褪黑素調(diào)控子的藥物。為腫瘤臨床治療提供了一種新的可能。

        二、材料方法：

        GTEx正常組織表達(dá)數(shù)據(jù)；TCGA mRNA/miRNA, methylation, SNV, CNV, clinical數(shù)據(jù)；TCPA蛋白數(shù)據(jù)；GDSC藥物敏感性數(shù)據(jù)

        Pathway score；network；subtype

        三、結(jié)果：

        1.褪黑素調(diào)控子基因集表達(dá)和亞型分析

        2.褪黑素調(diào)控子體細(xì)胞突變

        3.褪黑素調(diào)控子拷貝數(shù)變異

        4.褪黑素調(diào)控子甲基化分析

        5.miRNA調(diào)控分析

        6.通路活性分析

        7.藥物敏感性分析

        總結(jié)：

        文章主要基于TCGA 33個(gè)癌癥的數(shù)據(jù)，從表達(dá)、突變、甲基化、miRNA、蛋白和藥物敏感性層面，對(duì)褪黑素調(diào)控子進(jìn)行了系統(tǒng)刻畫和分析，最終構(gòu)成了這篇13分的研究。有兩個(gè)點(diǎn)值得思考，一是純生信的文章有難度但是也有潛力；二是，分析一個(gè)基因集合也沒有那么不堪�？傮w上還是不難的，畢竟沒有特別復(fù)雜的算法，結(jié)合具有研究?jī)r(jià)值的基因set，例如前段時(shí)間的吞噬作用調(diào)控子，相信水平不會(huì)低。

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